Šalvějový čaj je pro své antivirotické a antimikrobiální účinky používán především při zánětech horních cest dýchacích a hrtanu, tzn. při angíně, rýmě, kašli, na léčbu čepů na mandlích, ale také jako výborný hojivý lék při poranění dutiny ústní (hojení po chirurgických zákrocích, vytržení zubu, stomatologické operace, na afty atd.)